Yo tomo un batido de proteinas cuando me levanto por la mañana para, en teoría, evitar el catabolismo que se produce a esas horas. Antes de entrenar un batido de avena (hidratos de carbono) y antes de acostarme otro batido de proteinas para asimilar por la noche y construir músculo. La verdad es que me va bastante bien así...
En cuanto a cantidades pues depende de la intensidad del ejercicio que hagas, con 1.5g por Kg de masa corporal tienes suficiente para una intensidad alta, entre comida y suplementos. Eso sí, recomiendan beber mucha agua para que el cuerpo no se resienta.
Y lo de que te sienten mal las proteinas a veces pasa, a mí me afecta mucho si las tomo sin hambre, también depende si las tomas con algunha leche vegetal (se hacen menos digeribles, por lo menos para mí) o las mezclas con agua.

Saludos!