Estómago e intestino delgado
Diferencias llamativas entre los carnívoros y los herbívoros se ven en estos órganos. Los carnívoros tienen un estómago (monocámara) simple y espacioso. El volumen del estómago de un carnívoro representa 60-70% de la capacidad total del sistema digestivo. Porque la carne es relativamente fácilmente digerida para ellos, sus intestinos pequeños (donde ocurre la absorción de las moléculas del alimento) son cortos - cerca de tres a cinco o seis veces la longitud de cuerpo. Puesto que estos animales hacen un promedio de una matanza alrededor de una vez por semana, un volumen grande del estómago es ventajoso porque permite que los animales traguen rápidamente al comer, ingiriendo tanta carne como sea posible de una vez la cual podrá ser digerida mas tarde mientras descansan. Además, la capacidad del estomago del carnívoro para secretar ácido clorhídrico es excepcional grande. Ellos pueden mantener el PH gástrico muy bajo, entre valores de 1 y 2 (N deT: acidez muy alta) aún en presencia de los alimentos. Esto es necesario para facilitar la digestión de la proteína y para matar las abundantes bacterias dañinas encontradas en las carnes.
Debido a la dificultad relativa con la que son digeridas las plantas (por la presencia de grandes cantidades de fibras indigeribles) los herbívoros tienen un aparato digestivo significativamente más grande y en algunos casos mucho más elaborado que los carnívoros. Ellos consumen plantas que contienen elevadas proporciones de celulosa, la cual debe ser fermentada (en el tracto digestivo por actividad bacteriana) para obtener muchos nutrientes. Se clasifican como "rumiantes" (los fermentadores en porciones anteriores del tracto gastrointestinal) o fermentadores en partes posteriores del tracto gastrointestinal. Los rumiantes son los herbívoros con los estómagos "multi - cámara" (varias cámaras) mas conocidos. Los animales herbívoros que comen una dieta de la vegetación relativamente suave no necesitan un estómago "multi - cámara"". Tienen típicamente un estómago simple (una sola cámara), y un intestino delgado largo. Estos animales fermentan las partes difíciles de digerir de las plantas en sus porciones finales del intestino (colon). Muchos de estos herbívoros aumentan la sofisticación y la eficacia de sus tractos gastrointestinales incluyendo enzimas que digieren carbohidratos en la saliva. Un proceso de fermentación del estómago "multi - cámara" en un animal que consumió una dieta de la vegetación suave provocaría un derroche de la energía. Los alimentos y las calorías serían consumidos por las bacterias y los protozoos de la fermentación antes de alcanzar el intestino delgado para la absorción. El intestino delgado de los herbívoros tiende para ser muy largo (10 veces mayor que longitud de cuerpo, medidos desde la boca al ano) para permitir el tiempo y el espacio adecuados para la absorción de los alimentos.
Colon
El intestino grueso (colon) de carnívoros es simple y muy corto, pues sus propósitos solamente es absorber sal y agua. Es aproximadamente el mismo diámetro que el intestino delgado y, por lo tanto, tiene una capacidad limitada de funcionar como un reservorio. El colon es corto y sin apariencia abolsada. El músculo se distribuye a través de la pared, dando al colon un aspecto cilíndrico liso. Aunque una población bacteriana está presente en el colon de carnívoros, sus actividades son esencialmente putrefactivas.
En animales herbívoros, el intestino grueso tiende a ser un órgano sumamente especializado implicado en la absorción del agua y del electrolitos, producción y absorción de vitaminas, y/o fermentación de las fibras vegetales. El colon de herbívoros es generalmente más ancho que su intestino pequeño y es relativamente largo. En algunos mamíferos herbívoros, el colon tiene el aspecto abolsado debido al arreglo de las fibras del músculo en la pared intestinal. Además, en algunos herbívoros el intestino ciego (la primera sección del colon) es absolutamente grande y sirve como el sitio primario o accesorio de la fermentación.
Omnívoros
Uno esperaría que un omnívoro mostrara las características anatómicas que lo facilita para comer carnes y vegetales. Según la teoría evolutiva, la estructura del aparato digestivo del carnívoro es más primitiva que las adaptaciones herbívoras. Así, un omnívoro podría ser entendido como un carnívoro que demuestra algunas adaptaciones del aparato gastrointestinal a una dieta herbívora.
Éste es exactamente la situación que encontramos en el oso, el mapache y ciertos miembros de las familias caninas. (Esta discusión será limitada a los osos porque son, generalmente, representantes de los omnívoros anatómicos.) Los osos se clasifican como carnívoros pero son omnívoros anatómicos clásicos. Aunque comen algunos animales, los osos son sobre todo herbívoros con 70-80% de su dieta comprendida por plantas. (La excepción es el oso polar que vive en el congelado ártico pobre de vegetación y la alimentación primaria es la grasa de la foca.) Los osos no pueden digerir la vegetación fibrosa bien, y por lo tanto, su alimento es altamente selectivo. Su dieta es dominada por las hierbas, los tubérculos y las bayas. Muchos científicos creen que la razón de la hibernación de los osos es porque su principal alimento (vegetación) no está disponible en los fríos inviernos del norte. (Obsérvese que la hibernación de los osos polares es durante los meses del verano en que las focas son inasequibles.)
Los osos exhiben generalmente las características anatómicas coherentes con una dieta carnívora. La articulación de la mandíbula de los osos está en el mismo plano que los dientes molares. Los músculos temporales son muy desarrollados, y el ángulo de la mandíbula, pequeño, se corresponde al papel limitado el pterigoideo, y los músculos maseteros participan en el movimiento de la mandíbula. El intestino pequeño es corto (longitud de cuerpo de menos de cinco veces) como el de los carnívoros puros, y el colon es simple, liso y corto. La adaptación más prominente a una dieta herbívora en osos (y otros omnívoros "anatómicos") es la modificación de su dentición. Los osos conservan los incisivos, los colmillos grandes y los premolares de los carnívoros; pero las muelas se han ajustado con las cúspides redondeadas para machacar y moler. Los osos, sin embargo, no han adoptado las uñas características de los herbívoros y conservan las garras alargadas de los carnívoros.
Un animal que captura, mata y come a la presa debe tener el equipo físico que hace a la depredación práctica y eficiente. Puesto que los osos incluyen cantidades significativas de carne en su dieta, deben conservar las características anatómicas que permiten que capturen y que maten animales. Por lo tanto, los osos tienen una estructura de la mandíbula, musculatura y la dentición que les permiten desarrollar y aplicar las fuerzas necesarias para matar y para descuartizar a la presa, aun cuando la mayoría de su dieta está basada de plantas. El oso tiene una articulación de la mandíbula tipo herbívoro (encima del plano de los dientes) que es una articulación, lejos, más eficiente para moler vegetación y que potencialmente permitiría que los osos aprovechar una gama más amplia de plantas en su dieta. Esta articulación es mucho más débil que la de los carnívoros. La articulación de la mandíbula de los herbívoros se disloca fácilmente y no soportaría bien las tensiones de someter la presa durante la lucha y/o en el quebrantamiento de los huesos (ni permitiría alcanzar la amplia gama de necesidades de los carnívoros). En la vida salvaje, un animal con una mandíbula dislocada pronto moriría de hambre o sería comido por otro y, por lo tanto, sería un resultado de la adaptación contradictoria. Una especie dada no puede adoptar, la más débil pero la más eficiente y móvil articulación del tipo herbívoro hasta que no haya basado su alimentación primaria en las plantas, ya que realmente estaría en riesgo de la dislocación articular, muerte y finalmente la extinción.