A mí no me importa demasiado que quede alguna cáscara, aunque intento quitarlas. Lo que hago es agitar bien los germinados en agua para que se separe la mayor parte, como ya te han comentado, después los pongo en un bol grande lleno de agua y dejo que reposen un momento para que las semillas se vaya n al fondo, como las cáscaras suelen flotar (no todas, las puñeteras) me limito a introducir la mano sin moverla mucho hasta el fondo del bol e ir sacando las semillas a puñado tos con la mano bien cerrada. Repito esto tres o cuatro veces y me libro de la mayoría de los "pellejámenes" , aunque siempre queda alguno que aporta muuuuucha fibra.