Bueno, igual no pinto mucho por aquí pero he trabajado años en comedores escolares infantiles.
Realmente l@s niñ@s no tienen prejuicios sobre si alguien come distinto. En el cole donde trabajaba tooodos los cursos tenían 2 o 3 alérgicos a algo y en total habría unos 5 musulmanes. L@s niñ@s se ríen de lo que les enseñan los padres y las madres, que son quienes meten cizaña. Sino ven normal cualquier cosa, que menganit@ no coma X cosa, que jueguen a novi@s entre niñas y niños, que seas azul, list@ o tont@.
Empezando por ahí creo que hay que romper un poco la idea de "no quiero que mi hij@ sea distint@" porque tod@s lo son y habría que aprovechar que son peques para reforzar eso, que no son tod@s iguales pero a la vez merecen tod@s el mismo respeto. Y eso lo absorven como esponjas. Vuelvo a decir, que yo he visto mil y una vez que las paletadas vienen de madres/padres paletos que azuzan a sus hij@s que se rían del distinto o peguen para hacerse "respetar". Por ejemplo, si tuviese un/a hij@ y tuviese un cumple en un mcdonalds de alguien de clase con lo que conlleva... estoy segurisisisisisima de que l@s niñ@s preguntarían por qué no come tal o cual, se lo dirías, dirían "vale" y seguirían a lo suyo... pero la comidilla y las vueltas de olla estarían entre los adultos T___T
Así que haz lo que mejor creas que le conviene a tu hija, y está bien que tenga criterio propio.
Por el tema del comedor en sí no sé. Donde yo trabajé se podía pedir menús de casi todos los tipos creo recordar. Porque los alérgicos tenían para cada tipo el suyo, los musulmanes también tenían y la última temporada a un niño le traían otro menú porque sus padres habían firmado una nota diciendo que no le diésemos panga (porque habían oído en la tele que era malo)... Bueno, eso fue hace casi 2 años, no sé si habrá cambiado.
Suerte!