Resulta que hay algunos organismos que pierden flora intestinal con esta dieta, sobre todo si pasaste por una enfermedad y te dieron algún antibiótico. Lo que debes hacer es agregar alimentos "cocidos", pero con cocido me refiero apenas pasados por agua hirviendo un minuto y les cortas la cocción con agua fría, eso es sólo para mejorar la digestión y no ser tan agresivos con los vellos intestinales. Como ya te dijeron, bebe muchísima agua y súbele a las verduras, bájale a los granos y tubérculos, el almidón causa ese efecto porque se pega en las vellocidades y no deja que se absorban bien los nutrientes, además que al fermentarse causa gases (es totalmente normal, pero tanto almidón pues causa más gas). Además, hay estudios que han hecho con ciertas regiones con niveles altos de desnutrición donde han asociado el abultamiento del vientre y crecimiento de la cintura con este factor, así que quizá no estés comiendo lo que tienes que comer. Checa bien tus porciones para que no te falte ningún mineral, ningún aminoácido ni ninguna proteína. Igualmente, uno de los principales factores de inflamación del intestino es todo glucosacárido, nuevamente almidones y azúcares, o sea, adiós azúcar, féculas y harinas refinadas, controla el consumo de frutas muy dulces (como el plátano, no más de uno grande por día o no más de un vaso de jugo de naranja por día) y haz todos los días ejercicio, sobre todo cardio y abdominales, para que se te mueva el intestino y tiendas a expulsar los gases. También es muy importante que procures comer más proteína que almidón, por lo que el consumo de algas combinadas con tofu y tempeh te va a ayudar, pues en presencia de proteínas metabolizas mejor las grasas que también son un factor de irritación de las vellosidades intestinales; si puedes consíguete un complemento de proteína vegetal y literal, complementa tu ingesta si no logras consumir suficientes aminoácidos en ausencia de almidones.
Yo tenía el mismo problema, de hecho lo sigo presentando cuando me salgo de ese régimen, así que es probable que también te funcione.