Pues desde mi punto de vista quizás deberías intentar acostumbrar a las cobayas al gato y no al revés. A un gato, le eduques lo que le eduques, siempre le va a llamar la atención una bola de pelo que se asusta cuando lo ve.
Yo tenía una cobaya que se metía en el cesto de los gatos a dormir con ellos, pero es que pasaba de sus caras.