Los humanos han roto tantas cosas en la naturaleza, que no creo que esto merezca más importancia. No se me ocurre un buen argumento que contestar directamente a lo de la cadena alimenticia, pero si tuviésemos que ser realmente fieles a la naturaleza también deberíamos dejar atrás toda la tecnología, vivir en cavernas y recolectar fruta directamente del árbol sin comprar nada. ¿Acaso es más antinatural romper con la supuesta cadena alimenticia? Prácticamente todo lo que hacemos está rompiendo con la naturaleza y no veo a tanta gente quejarse, ¿por qué tantas quejas precisamente cuando se trata de comer sin hacer sufrir a nadie?
Además, la forma en la que se cría a los animales en las granjas no tiene nada que ver con la cadena alimenticia, ningún otro animal cría a sus presas ni las mantiene para luego comérselas. En todo caso lo que formaría parte de la cadena alimenticia en los humanos (en el caso de ser carnívoro) es la caza.
Saludos!