No deberían tener diferencias nutricionales, simplemente están cocidos y conservados en medios ácidos y antioxidantes (respecto a lo de bote) y crioconservadas (las verduras).
El único pero que le veo yo, que después se vuelven a calentar, cuando e cocina, y no tengo clara la estabilidad de determinados micronutrientes (como las vitaminas, o biodisponibilidad de algunos minerales).
Ante la duda, como no cuesta nada poner a remojar de noche, es mejor usar producto freco y tirar de lo preparado para cosas con prisa.
Y eso que a mi me va a quedar cara de bote, porque siempre ando con prisas!