Muy bien Arrels, veo que te lo curras a pesar de las dudas que te surgen.
No soy un experto en germinados y no sé si la información siguiente te ayudará a resolver alguna de las dudas que expones, pero ahí va.
Aunque no tengo información específica sobre el germinado de trébol sé que las semillas pequeñas y blandas como el trébol se consumen cuando alcanzan varios centímetros (entre dos y cuatro). Si te pasas y germinan demasiado, la cantidad de clorofila aumenta, pero la de celulosa también, y esto las hace difíciles de masticar, a la vez que dificulta su digestión. Lo ideal es que los brotes germinados sean tan blandos que se puedan aplastar con los dedos. Si a pesar de todo los brotes tienen un sabor ácido, quiere decir que han sido atacados por gérmenes de la acidificación y fermentación, y entonces no es aconsejable su consumo.
Según Marc Ams, para mantener un nivel de humedad constante es suficiente con dos o tres enjuagues al día, para todas las semillas en general.
En cuanto a la cascarilla no sé cómo es la de trébol pero muchos brotes se pueden consumir con cascarilla como, por ejemplo, el fenogreco.
Tu método parece correcto puesto que facilitas renovación de aire y evitas exceso de humedad.
Eso es todo.
Mantennos informados de tus avances!