El olor puede ser debido al exceso de agua ya que tienes que permitir que se drene el agua que hechas cada día. El sabor en si es algo fuerte, y si dejas que salgan mucho las hojas del germinado entonces te sabrá amarga. Quizá si nos pones una foto podremos opinar mejor.
Prueba a germinar alfalfa, tiene un sabor más agradecido y puedes comerla perfectamente en ensalada o en sopa echándola directamente en el plato. Además, la soja la podemos encontrar en muchos productos (tofu, leche, texturizada, hamburguesas vegetales..) un poco de variedad introduciendo el germinado de la alfalfa en tu dieta puede ser ideal.
Por cierto, si tienes pensado germinar a menudo puedes hacerte con un germinador, verás como se hace todo muy sencillo.